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RacinesCommunes est conduit par un comité de pilotage (Copil) représentatif des principaux acteurs concernés et désigné par le Gouvernement jurassien. Présidé par la secrétaire générale de l’AJC, il est composé de 11 membres : quatre représentants de l’AJC, trois représentants des syndicats intercommunaux de district (AMDD, SCFM, SIDP), un représentant des employés communaux (AJECA JU) et trois représentants de l’Etat.
Le Copil a pour objectif de mettre en place un cadre général (juridique, financier, organisationnel) incitant les communes à engager une réforme de leurs structures.
Dès novembre 2025, ses premières tâches ont été les suivantes:
Un accent est porté sur la communication et le suivi du projet : chaque membre du Copil est invité à informer l’organisation qu’il représente des éléments clés du développement du projet. Le Copil présentera en outre un rapport annuel au Gouvernement et au comité de l’AJC.Au quotidien RacinesCommunes est géré par un bureau, issu du Copil, composé de trois personnes : Fanny Noghero, Christophe Riat et Magali Voillat.